Мьюту открывает глаза в лабораторной камере. Он знает, для чего его создали: генная конструкция на основе реснички легендарного Мью, живое оружие для уничтожения человечества. Но сам решать, кем быть, ему не позволили. Узнав правду, он сносит стены лаборатории и вырывается на свободу. Ярость и обида ведут его: учёные видели в нём только инструмент, и теперь он намерен ответить. Мьюту готовит план
Зелёный полог джунглей скрывает мальчика, который не знает, что такое город. Коко вырос в лесу, его единственная семья - отшельник Заруд и дикие покемоны, ставшие друзьями. Встреча с путешественником Сатоси и его Пикачу нарушает привычный уклад: мальчик впервые видит людей и технику, но главное - узнаёт, что его дому грозит уничтожение. Коко разрывается между двумя мирами. Он хочет защитить
Фестиваль ветра в приморском Фуура посвящён Легендарному покемону Лугиа, чья сила питает энергией весь город. Здесь Сатоси встречает пятерых непохожих друг на друга людей: тренера Лизу, покемона-вруна Кагати, исследователя Торито, пожилую Хисуи, которая не скрывает нелюбви к покемонам, и загадочную девочку Ларго. Каждый из них тянет героя в свою сторону, но когда на город и его жителей