Черепашки лишились покоя: Сплинтер получает в подарок старинный японский скипетр, который оказывается машиной времени с причудливым условием - вес путешественников должен быть одинаков с обеих сторон. Эйприл первой проваливается в феодальную Японию 1603 года, а следом за ней отправляются и братья. Но вместо храма, где ждал скипетр, они падают прямо в гущу сражения, и в суматохе Микеланджело
Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэль снова выходят из канализации, но на этот раз ставки выше. В городе появляется мутаген: вещество, способное превратить любого в чудовище. Клан Футов во главе со Шредером уже использует его, создавая Токка и Разара - огромных и агрессивных монстров. Черепашкам нужно не просто победить старых врагов, а остановить распространение зелья, пока Нью-Йорк не